为了抢夺地球，新的敌人ナハネ、オハネフ，以及谜之巨大怪物体从宇宙出现。超进化研究所秘密开发的“新干线战士ALFA-X”是掌握着一切的关键……!?过着安稳日子的隼人等人的“新干线战队”的战斗再次拉开帷幕——!!由于突然出现的敌人的攻击导致父亲北斗失踪了，隼人变得坐卧不安。这种情况下，出现在他面前的竟然是穿越时空而来的“9岁的北斗”。被光之粒子包围、穿越时空的“少年北斗”，为了守护地球和返回自己原本的世界，决心成为集结了最新技术所完成的“新干线战士ALFA-X”的驾驶员。连同二人的思念，集合了北海道支部、山形支部、大宫支部、名古屋支部、京都支部、门司支部的“新干线战队”对抗宇宙最强的敌人!新干线战队能否维护日本的和平和安全?隼人和父亲北斗能否再会?
