《反贪风暴3》电影讲述了陆志廉和刘保强两人分别侦查贪污及洗黑钱案件，但随着调查的不断深入，两人却发现贪污案和洗黑钱案有着千丝万缕关系，与此同时，二人也身陷危机之中。
ICAC (廉政公署) 陆志廉(古天乐 饰)，JFIU (联合财富情报组) 刘保强(张智霖 饰)分别侦查贪污及洗黑钱案，但苦无线索，这时廉政公署L组 (内部纪律调查组) 程德明(郑嘉颖 饰)收到Eva(邓丽欣 饰)举报，指陆志廉收贿1,200万，陆无法辩解即时停职。 刘发现陆被诬陷，并跟一直调查的洗黑钱案有着千丝万缕关系，同时怀疑银行主任游子新(栢天男 饰)协助犯罪集团首脑王海禾(谭耀文 饰)洗黑钱;中国反贪局侦查处处长洪亮(丁海峰 饰)来港，给刘保强提供了重要情报，原来洗黑钱案牵涉内地贪腐官员，中港合力打击贪腐;陆亦冒险搜集罪证却遭禁锢，命悬一线......
